Федеральное агентство воздушного транспорта является федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим функции по оказанию государственных услуг, управлению государственным имуществом и правоприменительные функции в сфере воздушного транспорта и гражданской части Единой системы организации воздушного движения.

Основными функциями Федерального агентства воздушного транспорта в установленной сфере деятельности являются:
а) организация исполнения федеральных целевых программ и федеральной адресной инвестиционной программы;
б) оказание имеющих общественную значимость государственных услуг на установленных федеральным законодательством условиях неопределенному кругу лиц, в том числе в целях:
организации в установленном порядке функционирования, развития и модернизации гражданской части Единой системы организации воздушного движения;
реализации комплекса мер по организации обеспечения выполнения международных и внутренних полетов;
в) издание индивидуальных правовых актов на основании и во исполнение Конституции Российской Федерации, федеральных конституционных законов, федеральных законов, актов и поручений Президента Российской Федерации, Правительства Российской Федерации и Министерства транспорта Российской Федерации.